等忽都帖木儿率领一万余人马进入肃州城内后，成吉思汗又命撒兀儿率领所部骑兵进入城墙上面，先把上面的守军控制住，以防不测。
这时忽都帖木儿十分机警了，一入城门，即命所部人马高举盾牌，缓缓前进。
拓跋余哥没想到蒙古骑兵警惕性这么高，但事已至此，也是“箭在弦上，不得不发”。
当路程行至一半时，突然从旁边巷道冲出一名文官模样的人来，他挡在昔里钎部等人面前说，使者大人，我是本府府丞刘继业，知府大人原本归降大蒙古国，但拓跋余哥杀死知府大人，准备诈降，您们千万不要中他的奸计啊！
拓跋余哥没想到会出如此变故，只得大喊一声，放箭！然后迅速打马向府衙门口跑去。
只见街道两边房屋窗台打开，埋伏在里面的夏军纷纷向蒙古骑兵放箭，一时“箭如蝗虫”。
忽都帖木儿赶紧指挥蒙古骑兵进行抵挡，昔里钎部则高举盾牌朝拓跋余哥追去。在府衙门口追上了拓跋余哥，并一刀将其劈死。
随后昔里钎部在所部人马的保护下进入府衙，在大堂发现了躺在地上的昔里沙。昔里沙满身伤痕，血已凝固。昔里钎部抱着昔里沙痛哭不已。
而府衙外面，忽都帖木儿率领蒙古骑兵下马就步，对两边房屋的夏军进行清剿，很多百姓也被杀死。
成吉思汗来到城墙上，听见城内杀声四起，正在观察。有骑兵来报，拓跋余哥的确诈降，第八万人队进入城内，即被夏军围攻，目前我军已控制局势，拓跋余哥也被昔里钎部将军杀死，但夏军兵力众多，还需大军增援。
成吉思汗随即命令撒兀儿率第七万人队将城墙上面的夏军大约一万余人斩杀干净，自己亲率蒙古骑兵主力攻入城内，会同第八万人队共同剿杀城内夏军。
夏军不敌蒙古骑兵，只好躲入百姓家中，那些百姓也帮助夏军抵挡蒙古骑兵。
成吉思汗得知这一情况后，随即下令，蒙古骑兵攻进入百姓家中后，采取“宁可错杀一千、不能放过一人”的政策，不分夏军还是百姓，全部杀死。这实际上是一道变相的“屠城令”。
昔里钎部还在府衙抱着昔里沙痛哭时，昔里答尔跑了进来，也抱着昔里沙一阵痛哭。
哭了一会儿，昔里答尔对昔里钎部说，叔叔，蒙古骑兵开始在城内屠杀百姓了，马上就要屠杀到我们部族住的地方了。
昔里钎部叫来自己千人队的副千户长说，这是我的侄儿，他带你们去昔里沙部族居住的地方，把他们的族人保护起来。
该副千户长为难的说，千户大人，成吉思汗刚刚下达了命令，要把和夏军有关的百姓全部杀死，昔里沙部族里肯定也有加入夏军的，将军让我们保护他们，不是让我们违抗成吉思汗旨意吗？
昔里钎部说，你们先帮我保护起来，我这就去请成吉思汗旨意。
昔里钎部找到成吉思汗说，成吉思汗，我大哥昔里沙本已决定投降大蒙古国，是那个拓跋余哥杀死我大哥，改变投降我军的决定。请成吉思汗开恩，赦免我大哥族人。
成吉思汗对耶律楚才说，昔里沙也是一位忠臣，你和昔里钎部快去找到昔里沙的族人，向进攻他们的将士们传达我的旨意，赦免昔里沙族人的死罪。
耶律楚才、昔里钎部领命而去。
蒙古骑兵在肃州城内屠杀了三天三夜，除昔里沙族人一千余人外，城内十余万军民全部被杀死。
蒙古骑兵在肃州城墙周围休整三日后，成吉思汗任命刘继业为肃州知府，收集城外百姓、恢复城内秩序，自己率领蒙古骑兵继续东进。