场上的正品神奇宝贝跟复制神奇宝贝终于都打的筋疲力尽了，互相依偎的倒在地上，但超梦和梦幻似乎没有停止战斗的意思，双方都将自己的力量全部凝聚在身上，梦幻身上粉色的光芒和超梦身上蓝色的光芒越来越大，最后，梦幻和超梦身上的光都冲向对方。
“住手！已经够了吧！”小智冲上去喊道。
小智眼见神奇宝贝们都痛苦的倒在周围，终于悲愤的冲向前去，在决斗中的战场中，被两道能量波一起撞击到了他的身上。
“小智。”小霞和小刚担心的喊道。
两股能力打在小智的身上，发生了大爆炸，等到烟雾散去，只见小智被粉红色的光芒包裹悬空着，但小智还是慢慢的倒下了，粉红光散去，小智倒在地上。
“愚蠢，区区居然人类想要阻止我们的战斗。”超梦看着小智的举动惊讶道。
因为小智的原因，超梦与梦幻之间的对战也暂时停止了，而皮卡丘却跑到小智面前，小智身上的粉色光散去，小智被石化了，变成一个石头人倒在地上，尽管皮卡丘再怎么呼喊小智，小智都没有什么回应，皮卡丘也就一遍一遍的对着石化的小智使出十万伏特，希望能以此来唤醒小智，但事宜愿为，任凭皮卡丘的十万伏特怎么打在小智的身上，小智都是保持着石化的状态。
“皮卡比~”
皮卡丘看着被石化的小智留下了伤心的眼泪，其他的小精灵看着皮卡丘和小智，也都被皮卡丘和小智的友谊所感动，都纷纷的留下了泪水。
其实正牌也好，复制品也罢，大家都是活在这个世界上的生物之一，又哪来的正牌与复制品之分呢？就算是被创造出来的，也是活在这个世界的生物啊！正牌与复制品都是生物，又何必分什么输赢呢？
真嗣看着被石化的小智，心里头也是一股说不出的滋味，虽然知道最后的小智一定会没事的，但不知道为什么，一向冷酷的真嗣，眼角也留下了几滴泪水。
周围的神奇宝贝所留下的泪水慢慢的都飘向了石化的小智，泪水化成点点的星光，汇集在一起，所有小精灵的泪水从四面八方汇集在小智的身上，超梦也被这一幕所惊呆了，因为从不相信感情的超梦现在明白了，人类的情感的可贵之处，小智的身上开始冒起蓝光，最后皮卡丘的真情之泪也飘进小智的身上。
新岛周围的乌云全部被驱散了，阳光也照进了城堡内，一束温暖的光束直直的照射在小智身上，小智身上的石化被慢慢的消失了，小智也慢慢的恢复起知觉，慢慢的醒来了。
“皮卡丘。”醒来的小智看见皮卡丘开心的叫道。
皮卡丘见小智醒来了，立刻投入其的怀抱。
所有的精灵见到这一幕都开心的叫着，似乎此时再也没有什么正品与复制品的区分了。
“的确，我和你都是存在着的，都是小精灵。”超梦看了眼梦话后说道。
“梦幻~”梦幻点头叫道。
“或许这件事没有人知道最好。”漂浮在空中的超梦看着地上的人和小精灵对梦幻说道“全忘记了······或许最好。”
之后超梦和梦幻全身泛起蓝光，地上被复制出来的小精灵身上也被蓝光包裹着，然后慢慢的飘了起来。
“大家，要去哪里呢？”小智看着大家笑问道。
“我们都诞生了，都活着。”超梦和梦幻带着大家飞走了说道“我们要活下去，在这个世界的······某个角落。”
站在地上的大家看着超梦和所以精灵慢慢的向远处飞去，不知不觉的脚下开始出现一道白光，将所以人都包裹了起来······
码头城市的神奇宝贝中心——
回到神奇宝贝中心的真嗣还在一个人静静的看着窗外的暴风雨，然后看了看自己右手手掌心中的“输”笑了笑。
此时在神奇宝贝中心的所有人的记忆都被超梦给删除了，真嗣也不例外，但真嗣事先就知道超梦会这么做，所以在超梦动手之前将自己的战果写在了手心里，不过即使没写，真嗣也知道单单凭借三神鸟也是不可能会打赢超梦的。
窗外的雨慢慢的停了，天空也放晴了，真嗣趁着所有人的都没发觉时，拿上了自己的东西，悄悄的离开了着嘈杂的神奇宝贝中心，朝着小智的家乡真新镇走去······
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