而此时自认为杀死日斩计划成功的团藏高兴的坐在火影的座位上。然而，办公室传来了一句:“抱歉，我还没打算将位置让给别人”。听到三代火影的声音，团藏无比震惊，日斩直呼团藏是不是没想到他还活着。团藏紧张的说没有，并声称自己只是帮助日斩管理政务。日斩念在团藏是自己多年的战友的份上，原谅了团藏，并希望团藏能够为木叶尽心尽力。因此团藏再度企图争夺火影之位的想法也就此落空。
猿飞日斩是忍界史上实际执掌火之国最高权力时间最长的火影，也是最长寿的火影。
若干年后，此时的团藏已进入老年时期，此时，木叶警务部队因对村子的不满决定要在木叶发动政变，日斩与团藏等木叶高层意识到，不能让宇智波发动政变，随后引发了一场宇智波家族灭门的悲剧。
因为团藏无法信任宇智波一族，所以夺取了本想使用别天神来阻止宇智波一族政变的止水的右眼。并以“可以保全佐助的性命”为理由叫双重间谍身份的宇智波鼬做出选择。鼬一方面为了村子的未来，一方面为了保护弟弟佐助，因此接受了灭族任务，并在之后成为叛忍，团藏的计划得以继续实行。
紧接着日斩与团藏两人招来了大量暗部与根的精英成员，分别去往宇智波地区与木叶警务部队本部搜寻幸存者。虽然宇智波家族惨遭灭门，但这样一来木叶避免了内战，使村子守住了和平。
由于宇智波一族的灭门事件，日斩意识到，警务部队不能拘泥于一族之人，应该广泛招收人才，为了村子的将来，必须适材适所才行，随后建立新的警务部队，日斩将团藏的根与他的暗部成员一起调到了警务部队。
由于团**断孤行，被日斩解除辅佐火影一职，在“根”解散后，团藏曾一度失势，但仍有其成员待在暗部继续效忠团藏。当纲手继任为第五代火影时，团藏对她继续贯彻日斩的政策而有所不满，并在新卡卡西班成立时安排自己的亲信佐井进入新卡卡西班，让佐井在新卡卡西班的任务中暗杀已经成为叛忍的佐助，但后来由于种种原因而导致暗杀佐助的任务失败。团藏得知此事后，说出“感情带来仇恨，仇恨导致战争”的话语。
之后“晓”的首领佩恩为了捕获九尾而袭击木叶，团藏为了趁机夺取火影之位，而杀了正要前往妙木山通知战事的联络蛙孝介，试图隐瞒战事来牵制住鸣人的行动范围[12]；并召集过去的“根”成员，下令让木叶陷于佩恩入侵的苦战中而不伸出援手。纲手在佩恩入侵一战后因虚耗过度陷入昏迷中，团藏便趁机在火之国会议中直指纲手已不能履行职责，应委任新一任火影，更力数过往火影治理上的不当，唯有自己才是最理想的人选，最终被大名指定为“第六代火影”。
五影会谈
团藏在成为火影后立刻将宇智波佐助定为叛忍并下达追杀令，亦允许雷之国忍者前往追杀
后来前往参加五影会谈，他利用先前夺取的止水写轮眼控制了铁之国大将三船，企图夺取忍者联军控制权，但被拥有白眼的雾忍青所识破。于是团藏向其他四影说出自己有意效法初代火影统一各个族落那样来统一整个忍者世界，并且会不惜一切代价来完成这个目的，这样忍者世界才能步入真正“和平”的道路，但他的想法遭到其他四影的反对。
而此时佐助也因为宇智波带土的讲述而知道关于鼬的真相，打算杀死木叶高层来告慰亡兄，并乱入五影会谈的会场企图刺杀团藏。佐助的行动遭到其他各影以及铁之国武士的阻止，团藏在混乱之中逃脱。
佐助在会场中被宇智波带土所救，之后和带土一同追上逃离会场的团藏。团藏利用先前获得的宇智波族人写轮眼施展了禁术“伊邪那岐”，让佐助发动的攻击变得无效。但在最后佐助利用写轮眼的幻术破解了团藏的伊邪那岐，团藏因此身受重伤，为了保存实力而挟持了在场的香磷打算逃跑，但一心复仇的佐助完全不顾香磷的安危，将团藏和香磷一同贯穿。团藏在临死前为了死守止水之眼，发动了里四象封印术打算与佐助、带土同归于尽，但最终失败。团藏在临死前感叹到自己到最后都没能成为火影，自己无论如何都无法追上日斩。并评价日斩和自己道“你是沐浴阳光的木叶。我是深埋地下的根。
角色关系
老师 千手扉间
火之国木叶隐村的二代目火影，以无人能及的速度威震忍界，享有「忍界第一神速」之名。擅长研究忍术，开发了「飞雷神之术」、「影分身之术」以及禁术「秽土转生」。
羁绊 猿飞日斩 火之国木叶隐村的三代目火影，初代目火影和二代目火影的亲传弟子，培育出了威震忍界的“三忍”。精通五种查克拉属性的忍术，享有“忍术教授”的称号。猿飞日斩是忍界史上实际执掌火之国最高权力时间最长的火影，也是最长寿的火影，开创了木叶隐村的全盛时期。
队友 水户门炎 火之国木叶忍者村上层具有一定议政权的三名长老顾问其中之一
队友 转寝小春
队友 秋道取风 秋道一族的上忍，年轻时从属于第二代火影的精锐护卫部队成员，时常展现出自傲的力量，他和云隐村金角部队的那一战，让他在忍界中打响了名号。
队友 宇智波镜 宇智波一族的上忍，从属于第二代火影的精锐护卫部队成员，宇智波止水的先辈，他将“火之意志”传递给了宇智波一族的部分成员
敌对 宇智波止水 宇智波镜的后代，与团藏观念不同，被团藏偷袭而失去右眼
部下—盟友 大蛇丸 第二次忍界大战期间大蛇丸曾加入根组织，随后两人一直保持着利益合作关系（团藏为大蛇丸提供研究材料——写轮眼等，大蛇丸为团藏提供实验成果——千手柱间的细胞移植和伊邪那岐等）
部下 油女龙马 油女龙马跟大蛇丸一样，都是团藏的部下，是「根」的忍者。他入侵的技术在历代暗部之中也是非常突出。
部下 宇智波鼬 接受了木叶上层给予的将宇智波一族灭族的任务，从此离开木叶加入晓（非正式部下）
部下 油女取根 火之国木叶村的上忍，油女一族的族人
部下 山中风 山中一族，团藏的部下，擅长使用山中一族的秘术
部下 信 被佐井呼为“哥哥”，与佐井同隶属于团藏所辖之下的名为“根”的组织
部下 佐井 擅长绘画
官方评价
《者之书》：从地下支撑大树，隐藏在木叶影中的”黑暗"
《阵之书》：在木叶的黑暗中伸展的无情之【根】，主张替忍世带来变革。
不过，在我看来，他并不是什么合格的忍者，也不会成为合格的火影，他的一切都是为了自己，或者说为了他认为的木叶。
但是现实的木叶永远不会按他的意愿来，毕竟，根埋在地里太久的话，也会腐朽的。