中忍考十二年后，此时的大蛇丸已进入中年时期，他与第四代风影·罗砂结盟，二人合谋攻击木叶，其行动称为“木叶崩溃计划”。他以部下药师兜作间谍潜入木叶隐村，而他自己也伪装成一名来自草隐村的女中忍考生混入木叶隐村。在死亡森林中大蛇丸遇到宇智波佐助，因为大蛇丸打算以佐助的身体作转生容器，所以给了佐助天之咒印，并预言佐助将会为报宇智波一族被灭之仇去找他追求力量。
后来，他暗杀第四代风影，并伪装成风影，让自己完全控制砂忍的行动。
在第三场中忍正式考试中，伪装成四代目风影的大蛇丸受三代目火影特意邀请，来到木叶隐村中忍选拔会场与三代目火影一同观赏这场淘汰赛，期间由大蛇丸的四名得力部下多由也、次郎坊、鬼童丸、左近右近伪装成两名砂隐忍者作为护卫，由于宇智波佐助为赶来参加考试，三代火影多次推迟考试时间后佐助仍未来参加，随后三代火影决定取消其资格，但因“四代目风影”的劝阻，三代火影打消了此念头。
大蛇丸瞄准我爱罗进入暴走状态时，利用音隐及砂隐村向木叶隐村发动攻击。“风影”和他的部下把三代目火影捉到桔梗城楼之上，风影亦露出他的真面目，原来就是自己的学生——大蛇丸。大蛇丸的部下“音忍四人众”更在城楼上结出“四紫炎阵”，把大蛇丸及三代目火影围起来，作为他们战斗的地方，而结界所生之火焰令木叶暗部无法进入。三代目知道要逃出此阵不是一件容易的事。大蛇丸在对战前曾一度流下泪来，三代目认为杀害老师的他还是会伤心，大蛇丸则声称只是打呵欠才流泪，令在场的卡卡西、阿凯和暗部傻眼，随后向三代目火影发出挑战（有别于其手下药师兜在第二场中忍考试向第七班强调出其不意的偷袭才是忍者的作法）。
在激战中，三代目使用“忍术·瓦片手里剑”攻击大蛇丸，但轻易被大蛇丸躲过，对方立即反击、以“潜影蛇手”袭击他；不过这只是他的“土替身”。三代目之后以“土遁·土流大河”、“土遁·土龙弹”及“火遁·火龙弹”袭击大蛇丸，但大蛇丸不是泛泛之辈，虽然不敢再轻视三代目，但亦扬言自己不过这么简单被解
大蛇丸要求三代目认真决战来做个了断，三代目亦“应邀”脱去火影制服，显露其忍者战装。不过，就在三代目使用“手里剑影分身之术”之时，大蛇丸以秽土转生的形式将初代目火影与二代目火影复活，他们的意志被完全抹杀，被迫参加战斗，二人无法发挥原本的实力。
在战斗过程中，初代火影与二代火影一同奔向日斩，与日斩展开体术攻击，但被日斩击开，之后，日斩使用“火遁·火龙炎弹”从口中吐出火焰向兄弟二人扑面而来。面对火遁的攻势，第二代火影使用水遁·水阵壁从口中猛烈喷出如海浪一般的水之墙，抵挡住日斩的火遁攻击！紧接着，第二代火影双手合十后，使用水遁·水冲波在一瞬间凭空召唤出犹如龙卷风般快速旋转上升的水，之后水犹如瀑布一般扩散并向下冲击日斩，日斩则使用土遁·土流壁筑成巨岩阻挡洪水；但就在从岩石返归城楼之际，先后被初代火影拳打脚踢后被二代火影强行拖入水中，在挣脱下才逃回土壁上面。二代火影使用水遁·水断波射出多支水柱击溃土壁，日斩再度落在城楼之上。
此时初代火影使用木遁秘术·树界降诞从地上快速生长出多棵树木，树木连根拔起，在一瞬间制造出一片森林，并且树枝牢牢的捆绑住日斩双手与双脚。日斩无法解开树枝的缠绕，于是以“通灵术”召唤出战友“猿猴王”猿魔，并令其化为“金钢如意棒”斩断缠绕着的树枝。
得到通灵兽“猿猴王”猿魔的协助，日斩使用其化成的“金钢如意棒”作为武器，跟大蛇丸从口中拿出的“草薙之剑·空之太刀”对战，双方打得一度不分胜负。但随即初代与二代目纷纷来犯，他没法同时对战三人，只好在初代及二代肢体上留下引爆符，直接被大蛇丸踢飞。大蛇丸一度走近被打到城楼面上的三代目，称对其表示失望，三代目亦一度因为想起童年的大蛇丸而流泪起来。但不久日斩重拾战意，以敏捷的身手攻击大蛇丸，猿魔亦从如意棒中把手伸出、企图勒死大蛇丸。大蛇丸及时化为泥泞躲避猿魔的攻击，并向日斩展示自己脸皮底下的第二真面目--就是利用“不死转生”、而成功侵占肉体的年轻女忍者面孔。大蛇丸表示这只是他第二次转生的容器，而下一个目标就是拥有写轮眼的宇智波佐助。日斩引爆初代及二代目身上的引爆符，以顺利阻止两者的攻击，然而他们“秽土转生”的肉体可立即修补过来。修复身躯后的两名火影，即对爱徒继续攻击。初代使用木遁术欲再抓击日斩，但幸亏猿魔化成“金钢牢壁”及时保护他。初代亦使用“幻术·黑暗行之术”(动画为二代使用)，将日斩封锁在黑暗环境当中，并对日斩展开攻击。
这章没有结束，请点击下一页继续阅读！由于此时的日斩年迈体衰，实力已不如全盛时期，因此，日斩只好使用禁术尸鬼封尽，随后，日斩使用两个影分身将初代火影和二代火影封印，由自己的本体封印大蛇丸，但由于在封印过程中，日斩不幸被大蛇丸操纵草锥剑从背后插入，迫使日斩无力将大蛇丸的灵魂抽出，因此日斩决定利用死神将大蛇丸双手废掉，使大蛇丸永远不能结印以使用忍术。日斩对大蛇丸痛斥道：“你沉溺于忍术，为忍术而自傲，这样的惩罚才最适合你，我要夺走你所有的术。”
因为日斩深信木叶“火之意志”一定会继承下去，所以在倒下时仍带着微笑、及再次看到童年的大蛇丸，接着便一睡不起。他的通灵兽猿魔因为失去召唤者亦瞬间消失了，大蛇丸也因失去战斗力、在音忍四人众保护下撤退。砂忍后来才知道真正的风影已被大蛇丸暗杀，就跟木叶重订和约。大蛇丸这场“木叶崩溃计划”，最终以失败告终。
大蛇丸为了治疗双手，他和部下兜主动去短册街找三忍的医疗圣手-纲手请求诊治。由于纲手态度强硬，大蛇丸以替纲手死去的弟弟和情人复活（即秽土转生禁术）作交易条件，并以七日为限期。七日后双方再次交涉，但纲手拒绝了大蛇丸的提议，大蛇丸和兜见状露出了杀心。同时自来也和鸣人也赶到了现场。
最初大蛇丸利用纲手怕血这一弱点稳占上风，但随后纲手就被鸣人激励摆脱了对血的恐惧，使用了创造再生，三忍展开大战。
鸣人先于三忍大战对兜使用了刚学会的忍术-螺旋丸并成功重创了兜，但自己也因体力不支而昏倒。此时大蛇丸和自来也正打得十分激烈，大蛇丸本想趁此机会解决掉鸣人，结果剑被纲手挡住，大蛇丸没能得逞。之后大蛇丸以及万蛇均被击败，大蛇丸和兜撤退。
这之后，大蛇丸因受不了原来女人身体双手被封印所带来的痛苦，故加紧派音忍四人众前往劝说佐助投靠音隐村。佐助到来前，大蛇丸不得不抛弃已无法使用双手的美丽女人身体（因转生对灵魂有损伤，所以在容器还能用时，不会轻易转生。） 临时以忍者幻幽丸的身体进行灵魂转生。尽管后来音忍四人众及拥有血继限界的君麻吕彻底死亡，但成功让佐助来到音隐村，并积极对其进行培训，企图用佐助作为下一个容器。