事情的起因是由千头家承接的政府工程，填海地度假村，原本是一个民用投资项目, 后来被选做国际会议中心，在这样的前提下，必然会受到各方大规模的检查，然而该工程存在很大的安全隐患，其中最大的问题便是其在竞标时用作宣传卖点的IOT技术。
于是千头集团决定将其直接炸毁，利用日下部的计划以毁尸灭迹。
然而回顾日下部犯案的全过程，因为他的协助人羽场二三一涉足NASA被骇客入侵落入公安手中后在拘留所里自杀，于是用去年的诺亚系统进行了恐怖袭击，为此试图达到让公安警察彻底丧失威信的结果。与其说是为了贯彻自己的正义，更不如说是满足私心更加贴切，千头太郎想要利用这一点，那就必须掌控一个至关重要的消息——
羽场二三一为日下部的协助人。
所谓协助人，是公安警察为了收集情报，从民间寻找的线人。当公安警察找到某位自愿成为协助者的人后，会向上级部门提出申请，被承认后进行相关文件登记给与编号以及工资。
虽然检察厅的公安部隶属于检察厅，但是却是听命于警察厅警备局，以及警视厅公安部，检察厅其他部门无权干涉。
协助者的资料由被称为“不存在的部门”的警察厅的警备局进行管理，这是为了防止多位公安警察接触到同一个人。
那么在这个过程中，千头集团是如何得知这种至关重要并且应当绝对保密的信息呢？
从他所得到的消息内容来判断其消息来源，首先排除了警备局，因为根据警备局的资料档案，可以知道羽场二三一虽然对外登记死亡，实际则由安室透出面，对其行使了改头换面的保护计划。
那么再来有可能经手的部门，就应该是警视厅的公安部门了。
安室透把撕碎的纸条清理干净，丢进了垃圾桶里，然后慢条斯理地在水槽前打开了水龙头，任由冰凉的冷水冲刷过掌心，不由得轻轻地打了个寒噤。
他从成为卧底之前就知道自己所面临的是什么，黑衣组织拥有着巨额的财富，在社会上看不见的地方占据着无数优质资源与特权，然而实际上，接触的越深，越会发现这个庞然大物的恐怖之处来。
他们的触角不断地延伸，既然各国的谍报部门能够在组织内部打入卧底，那么组织为什么不能向他们打入组织内部人员呢？毕竟两者的组成结构有很大的相似之处。
警视厅。
死去的发小诸伏景光在殉职前便是任命于警视厅公安部。
那里出现了内鬼吗？
当年景光暴露的事情必然不是因为彻查到了他的真实身份，而应该是有人给出了景光是卧底的可靠消息，不然同为卧底却任命于警察厅公安部的安室透也应该暴露了身份。
当年土门康辉的遇刺事件，他在调查赤井秀一是否真的被水无怜奈一枪打死在了秋叶山上时有所耳闻，而组织在其宣布退选之后便终止了行动，那么剩下的两个候选人里，常盘荣作和千头顺司必然有一个为组织的内部人员。
安室透手上掌握着来自组织和公安的双重资料，千头太郎在这次事件中所拥有的的足以骇客进NASA的顶级程序师名单，让他不由地联想到了之前被无辜牵扯进游戏公司爆炸案的Tequila，他便是去交易世界顶级程序师名单时发生了意外。
这个事件以极其细微的联系，串联出了看似毫无关系，实则密切相关的脉络来，那些藏在看不见的黑暗之下污浊的沉积，终于一点点显露出了真实面目。
安室透长长地呼出口气，久违地感受到了一丝无力。
他一直努力试图进入组织核心，然而这个神秘莫测的集团，却比俄罗斯套娃还有着更多的阶层，即使在拥有代号的成员里也有大批人并没有接触到核心力量，哪怕是自己本身，大概都不知道自己在组织里到底处于什么位置。
他敏锐地察觉到那团黑暗中的迷雾之下有着更深层次的秘密，却被拒之门外，无法触及。
那仿佛是一种早已决定好的阶层，他哪怕付出良心的代价也没办法接近。
安室透对着窗外已经入夜的街道发了片刻的呆。
他心想，如何才算是彻底战胜了组织？
杀掉boss吗？
还是将其所作所为大白于天下？
黑衣组织是一张张开在全世界的巨大灰色的网，人数繁多，所涉及的犯罪大概触犯了每一个国家的全部刑法，难道有能够将其一网打尽的办法吗？
安室透又皱起眉，关上了水龙头，拿起放在一旁的毛巾有一下没一下地擦拭着手掌。
这时，玻璃推门上的小铃铛轻响，安室透不露痕迹地清理掉了手机里的资料，朝着来人看了过去，一秒之后，他似乎有些无奈地说道：“我就知道你会回来。”
柯南目光一凛，看向他：“我有事情想要问安室哥哥，在那位藤原小姐不在的时候。”
安室透听到那个名字，不知怎么地就想到了她的一瞬间的慌乱，就像是那天在商场里，令他着迷的那个瞬间。
她所有的情话张口就来，眼角眉梢的情绪全都让人看不清真假，然而哪怕他将她拥在怀里最亲密的时刻，他也能感受到她并不爱她。
不需要任何证据，至少在她讲起初恋的时候，他都能感受到一种从来未曾在他身上出现过的温柔的触动。
安室透有些疲惫地叹了口气。
他给柯南倒了一杯他喜欢的乌龙茶，浅青色的饮品色泽温润气味芳香，不动声色地安抚着人心。