尽管系统漏洞已被修复，世界似乎恢复了平静，但臧小悠和郝小阳却发现一些奇怪的后遗症开始浮现。在日常生活中，他们偶尔会遇到一些科技设备的小故障，这些故障看似无关紧要，却有着微妙的关联性。
臧小悠在使用电脑时，发现系统会时不时地出现一些短暂的卡顿，这些卡顿并非是普通的软件或硬件问题，而是在特定操作下才会出现，比如当她试图访问一些曾经与系统漏洞研究相关的加密文件时。郝小阳也注意到，在一些公共场合的智能设备，如自动售货机和交通信号灯，会出现瞬间的混乱，虽然很快恢复正常，但频率却在逐渐增加。
“守护者联盟”也察觉到了这些异常，他们怀疑这是系统漏洞修复后的余波，可能存在一些隐藏的不稳定因素。苏瑶召集臧小悠、郝小阳和联盟的核心成员开会讨论。会上，技术专家们提出了各种猜测，有人认为是在修复过程中，部分残留的异常能量与现有系统产生了冲突；也有人担心这是神秘组织留下的后手，准备再次引发混乱。
为了深入调查，臧小悠和郝小阳决定重新审视之前在神秘组织基地获取的资料。他们发现，在一些被加密的日志文件中有提到“种子计划”，这个计划的细节被层层保护，但从只言片语中可以推断出，它与一种能够在系统修复后持续破坏的机制有关。
与此同时，社会上开始出现一些针对臧小悠和郝小阳的负面舆论。一些不明真相的人认为是他们的行动导致了这些新的问题，甚至有人呼吁对他们进行制裁。这些舆论压力给他们的生活带来了很大困扰，臧小阳的家人再次受到影响，周围的邻居开始对他们指指点点。
在调查“种子计划”的过程中，他们发现需要找到一位曾经参与过神秘组织早期研发的科学家。这位科学家名叫李博士，据说他在意识到神秘组织的邪恶目的后就隐居起来了。臧小悠和郝小阳踏上了寻找李博士的旅程，他们根据有限的线索，来到了一个偏僻的小镇。在小镇上，他们四处打听李博士的下落，却遇到了一些当地居民的敌意，这些居民似乎受到了某种误导，认为臧小悠和郝小阳是来给小镇带来麻烦的。
他们在小镇的图书馆中找到了一些关于李博士的资料，资料显示李博士对古代科技与现代科技的融合有着独特的见解，这让臧小悠更加坚信李博士可能掌握着解开“种子计划”谜团的关键。在一位善良的老图书管理员的帮助下，他们得到了一个可能找到李博士的地址——小镇边缘的一座废弃工厂。
臧小悠和郝小阳小心翼翼地朝着小镇边缘的废弃工厂走去。一路上，周围的环境越发阴森，废弃的建筑和杂草丛生的道路给人一种不安的感觉。当他们接近工厂时，发现工厂周围有一些奇怪的能量波动，这些波动与他们之前在系统漏洞附近感受到的有些相似。
工厂的大门紧闭，周围的围墙很高，上面布满了铁丝网。郝小阳在围墙边找到了一个相对薄弱的地方，两人合力翻过围墙进入了工厂内部。工厂内弥漫着一股刺鼻的化学气味，各种废弃的机器设备杂乱地摆放着，仿佛在诉说着这里曾经的繁忙。
他们在工厂里小心翼翼地搜索着，郝小阳凭借着敏锐的直觉，发现了一些新的脚印，这些脚印看起来很新鲜，似乎不久前有人来过。臧小悠判断这些脚印可能是李博士或者与他相关的人留下的。沿着脚印，他们来到了工厂的地下室入口。地下室的门半掩着，里面透出一丝微弱的灯光。
臧小悠和郝小阳缓缓走进地下室，警惕地观察着周围的环境。地下室里摆满了各种实验设备和资料文件，在一个角落里，他们发现了一位头发花白的老人，正专注地在一台电脑前工作。这位老人就是他们要找的李博士。
李博士看到臧小悠和郝小阳，眼中闪过一丝惊讶和警惕。臧小悠急忙解释他们的来意，讲述了系统漏洞修复后出现的后遗症以及神秘组织的“种子计划”。李博士听后，沉默了片刻，然后缓缓说道：“我就知道，他们不会轻易放弃。‘种子计划’是一个极其危险的阴谋，如果不阻止，世界将陷入更深的灾难。”
李博士向他们透露，“种子计划”在系统中埋下了数以千计的微小“种子”，这些“种子”就像定时炸弹，会在特定条件下激活，引发一系列连锁反应，最终再次破坏整个世界的科技秩序。而且，这些“种子”具有自我学习和进化的能力，随着时间的推移，会变得更加难以控制。
他还告诉臧小悠和郝小阳，要解除“种子计划”，需要找到一种特殊的频率信号，这种信号可以与“种子”产生共鸣，使其失去活性。但是，要找到这个频率信号，需要对古代神秘学和现代量子物理学有深入的理解，并且要结合系统漏洞的原始能量特征。
在李博士的指导下，臧小悠、郝小阳开始研究那些在地下室找到的资料。这些资料包含了李博士多年来对神秘组织计划的研究笔记，以及一些他尝试寻找解决方法的实验记录。在研究过程中，他们发现了一个与古代文明遗迹相关的线索，这个遗迹可能隐藏着关于特殊频率信号的关键信息。