虽然是长门和小南的老师，但自来也自从离开雨之国后，便没怎么听说过自己这几个学生的消息。以至于原著中他都知道了晓组织的事情，却没想到这个晓组织居然是自己的学生搞出来的。
直到如今晓组织选择与火之国的内部势力合作，在火之国境内成立晓忍村。再加上晓忍村有意宣传长门身上的千手血统，利用千手一族的号召力吸引忍者加入晓忍村，晓组织的底细才彻底曝光在世人眼中。
也是此时自来也方才知道，这个神秘的晓组织居然是自己的学生搞出来的。而晓组织在自己学生的带领下，居然在火之国境内成立了第二忍者村，抢了木叶的饭碗。这一番变故，着实将自来也震得不轻。
不过更加震惊的，其实还是木叶自家的忍者。
因为根据最新的消息，长门的祖上是被三代火影带头打压的千手一族忍者。长门的恩师，则是三代火影的弟子自来也。而长门带领的晓组织之所以敌视木叶，则是因为上一任晓组织首领弥彦，是死在三代火影为首的木叶高层的算计之下的。
是三代火影对千手一族的过度打压，才使得千手一族后裔的长门沦落小国。又是三代火影弟子的自来也收下了长门这个弟子，使得原本就对木叶有仇的长门有了组建晓组织的实力。又是因为以三代为首的木叶高层的算计，使得原本亲近木叶的晓组织与木叶反目成仇。
也就是说这个晓组织其实也和宇智波泉、大蛇丸一样，原本都应该是木叶自己的力量。都是以三代为首的木叶高层乱搞，才使得原本应该从属于木叶的晓组织，变成了木叶在火之国内部最大的敌人！
总而言之，晓忍村的创建，长门身份的曝光，让以三代火影为首的旧木叶高层的形象变得更差了。不少木叶忍者又对三代火影的火影岩唾了口唾沫，怒骂这老登儿当了三十年的火影，感情做的事儿尽是将木叶的自己人变成敌人吗？
但不管怎么说，现在木叶最重要的还是与晓忍村联手，共同应对火之国的外部威胁。所以作为长门的老师，刚刚离开木叶的自来也便接受到一个艰巨的任务。那便是代表木叶前往晓忍村与对方建立军事联盟，同时以个人身份打听晓忍村的情报。
自来也此时也知道木叶局势的艰难，所以接到任务之后没什么耽搁，便带着漩涡鸣人来到了刚成立的晓忍村。
因为出身雨之国的关系，新建立的晓忍村驻扎在距离雨之国较近的火之国的西南地区。这里山高林密，还有大片还未开发的原始森林，生存环境比较恶劣。不过相较于雨之国，这里的环境已经好很多了。
依靠着忍术的力量，长门等人在这片原始森林中开出了一片空地，然后便是火之国官员带领施工队开始进行各种大规模建设。通过西南地区便利的水利交通，各种材料与施工器械不断运到晓忍村中。等到自来也来到晓忍村的时候，晓忍村就见这里已然变作了一个热闹的大工地。
报出身份走进晓忍村中，自来也便和漩涡鸣人在一个接待员的带领下，开始参观这个正在建设中的晓忍村。通过这个接待员的介绍，自来也方才知道，从规划到修建，再到人员的调配与忍者的召集，晓忍村的主要工作居然都是火之国官方负责的。
当然，这并不意味着掌控晓忍村的便是火之国的官方势力。可从火之国官方的积极态度上，自来也同样能感受到火之国官方与晓组织之间的合作是何等密切。想来早在创建晓忍村之前，两者之间便已然有了一定的联系。
再加上晓忍村创建的时机把握得如此之好，晓忍村的建设又是如此迅速，自来也猜想可能晓组织与火之国官方早就料到木叶会遭到重创。想及此处，自来也不禁暗道：
如此说来，长门可能早就知道了木叶毁灭计划，所以才会提前做好组建晓忍村的准备。那这么说的话，大蛇丸和宇智波泉他们，和长门的晓组织应该也所勾结才是。
一想到这些原本应该是木叶的忍者，却都因为各种原因与木叶背道而驰，现在甚至开始联合起来撬动木叶的根基，此时便是自来也也开始埋怨起自己那位老师来。
猿飞老师，你知不知道你给木叶带来了多么可怕的麻烦啊！
暗中埋怨了两句之后，自来也便继续跟着接待员参观起晓忍村。听着接待员不断介绍着晓忍村的各种设施，从居民区到生活区，再到忍者的训练与研究场所，最后来到了占地最广的科学研究区域。
“自来也先生，我们晓忍村是在火之国官方支持下创建的新式忍村。相比于看重师徒传承的旧式忍村，我们晓忍村更加看重科学研究与科学技术。所以我们晓忍村拥有忍界所有忍村中占地面积最广的科研场所。”
“在这片区域中，我们准备建设与查克拉相关的生命科学研究所，化学研究所，材料工程研究所等等。当然，重中之重的还是与查克拉物理性质方面的研究。我们准备在晓忍村建立极端光集束系统和查克拉粒子对撞机，从微观层面彻底揭开查克拉的秘密。”
晓忍村的接待员是个亭亭玉立的职场女性，出身火之国官方的她身材窈窕，面容姣好，换做平常时候自来也说不得就要上去揩油了。但现在面对晓忍村大片的科研场所，自来也却没有半点揩油的兴趣，他的脸上满是严肃。
作为三忍之一，自来也即便科学素养不高，但也知道科学技术的可怕。毕竟他的老师猿飞日斩花了一辈子的时间，就是为了防备火之国出现颠覆忍界秩序的新科技。可现在他的老师身败名裂，木叶也元气大伤，火之国内部便再也没有力量阻止相关的科学研究了。
可以想象在这些高尖端的设备与科学家的联手下，查克拉的秘密很快就会被揭开。忍界被打压了数十年的科学家，将会依靠着科学研究的方法，在极短的时间内变得比所有忍者都要了解查克拉。
自来也不知道这种了解将会带来怎样可怕的力量，但他知道忍界从此以后，将不再是忍者说了算了。掌握着技术与知识的科学家，将会代替一个个曾经耀眼的忍者，成为这个世界真正的主角。
只是自来也能够意识到事态的严重性，他身旁的漩涡鸣人却毫无所觉。所以在接待员介绍完毕之后，漩涡鸣人疑惑道：
“这么大一片地方，居然只是用来建设类似学校之类的东西吗？真奇怪，作为忍者最需要的难道不是忍术与修行吗？总是建设学校读书的话，你们晓忍村的忍者将来怎么战斗啊？”
听到漩涡鸣人的问题，自来也不由得翻了个白眼，心道：
你这个学渣，什么都不懂就少说点话行不行？
而一旁的女性接待员听到漩涡鸣人的问题像是一愣，转而便只是笑笑不说话。但那笑容中蕴含的莫名关怀，却让习惯了排斥的漩涡鸣人不知所措。而一旁的自来也却瞬间理解了这种眼神，因为那是关爱傻子的眼神！