由于三代火影与高层的错误决定，人体实验在木叶的上忍圈子里传遍了，甚至在村子里都传播着这些话。
在经过木叶高层的几次商讨，三代火影只能是选择退位，才能平息这件事的风波。
而这个时候波风水门以及千手光来的名字在上忍中频频提起。
一次会议后，波风水门以五票之差领先于千手光来，最终四代火影由波风水门担任。
光来如同之前三代火影交代的那样，担任了木叶技术开发局局长，弦音担任木叶医疗中心主任。
而止水进入了暗部，开始火影的传统艺能，追杀自己的老师大蛇丸。
永带妹继任后，要求了各项事务开始了新的改革。首先就是光来一直在意的人体实验，永带妹下令禁止，要求光来好好彻查技术开发局内部的档案资料。
再者就是要弦音培养医疗忍者，并且继续努力钻研开发新的医疗忍术。暗部由新之助为首，接着掌控，止水为辅。
但止水为明面暗部上的首领，行走于表面，而实际上一切由新之助做主。
光来站在技术开发局的大门前，望着斑驳的墙壁和生锈的铁门，不禁皱起眉头。这里已经很久没有好好打理过了。
"局长大人。"
此时光来的身后传来助手御手洗红豆的声音。
"这是近五年的研究资料。"
光来接过厚厚的一摞笔记，随手翻开最上面的一份，眉头越皱越紧："这些都是什么？人体实验报告？禁术研究？"
御手洗红豆低下头："是的，这些都是大蛇丸大人...不，大蛇丸留下的研究资料。"
"全部销毁。"
光来将卷轴扔在地上："从今天起，技术开发局只进行对村子有益的研究。召集所有研究员，我要宣布新的制度。"
与此同时，弦音正在医疗中心的病房里忙碌。他刚刚完成一台复杂的手术，额头上还带着细密的汗珠。
"弦音主任。"
一名医疗忍者匆匆跑来："又送来一批伤员，是追捕大蛇丸的小队。"
弦音立刻放下手中的病历："准备手术室，通知所有值班医疗忍者集合。"
他快步走向急诊室，脑海中却浮现出止水的面容。自从他加入暗部，已经很久没有消息了。
火影办公室内，波风水门正在处理堆积如山的文件。三代火影的退位事件让村子陷入短暂的混乱，他必须尽快稳定局势。
"水门大人。"
奈良鹿久推门而入："这是各大家族的意见汇总。"
水门接过文件，眉头微皱："他们还是对光来和弦音的任命有意见？"
鹿久点头："不是，对弦音光来的任职没有意见，主要是止水的......"
"止水的什么？"
水门打断道："我相信他能处理好大蛇丸的事件，鹿久，帮我安排一次上忍会议。"
夜幕降临，光来终于处理完技术开发局的事务。
他站在屋顶上，望着远处的火影岩。新的火影头像正在雕刻，象征着村子的新时代。
"在想什么？"
弦音的声音从身后传来。
光来回头，露出疲惫的笑容："在想怎么让那些老顽固接受新事物。你呢？手术结束了？"
"嗯。"
弦音走到他身边："伤员都稳定了，听说止水还在追捕大蛇丸？"
光来点了点头："不知道啊，大蛇丸可是很棘手的，止水并不一定能抓住他。"
此时暗部的追击已经到了死亡森林深处，止水带领的暗部小队正在追踪大蛇丸的踪迹。
"队长。"
一名感知型暗部忍者，低声说道："前方发现可疑的查克拉反应。"
止水抬手示意队伍停下，写轮眼在黑暗中泛着红光："小心，可能是陷阱。"
话音未落，地面突然塌陷，无数毒蛇从地底窜出。暗部成员们迅速结印，火遁忍术将毒蛇烧成灰烬。
"真是热情的欢迎仪式啊。"
大蛇丸的声音从四面八方传来："我的学生止水啊。"
止水握紧苦无："大蛇丸，出来吧。"
"呵呵。"大蛇丸的身影出现在树干上。
"止水，你知道吗？我一直在关注你的成长，你真的很出色。"
大蛇丸站在一棵巨树的枝干上，金色的竖瞳在黑暗中泛着冷光，此时他正由上而下的看着止水。
"老师。"
止水的声音有些颤抖："为什么要做那些实验？为什么要背叛村子？"
"为了追求真理啊。"
大蛇丸伸出长长的舌头："生命的意义，忍术的极致...这些都需要付出代价。"
"那些无辜的人，也是代价吗？"
止水的写轮眼急速旋转，三勾玉连成一片。
"您教导我的时候，不是说过，忍者要做正确的事吗？"
大蛇丸笑了："止水，你太天真了。这个世界，强者才有资格制定规则。"
话音未落，大蛇丸的袖中窜出无数毒蛇。
止水瞬间结印："火遁·豪火球之术！"
炽热的火焰将毒蛇烧成灰烬，但大蛇丸的身影已经消失。
下一秒，冰冷的声音在止水耳边响起："杂念太多，遇到敌人可是会吃亏的。"
止水猛地转身，苦无划破空气，却只刺中了一截替身木。大蛇丸的真身出现在十米开外，双手快速结印："风遁·大突破！"
狂暴的飓风席卷而来，止水被吹得连连后退。
他咬破手指，快速结印："通灵之术！"
巨大的乌鸦出现在战场上，尖锐的喙直取大蛇丸。大蛇丸不慌不忙，双手一拍地面："万蛇罗之阵！"
无数巨蛇从地底钻出，与乌鸦缠斗在一起。
止水抓住机会，写轮眼疯狂转动："幻术·枷杭之术。"
大蛇丸的动作突然一顿，但很快就挣脱了幻术："不错的幻术，但是可惜，我太了解你的力量了。"
"今天就到这里吧。"
大蛇丸的身体开始融化："止水，期待下次见面时，你能给我更多惊喜。"
"别想逃。"
止水想要追击，但大蛇丸已经化作无数小蛇消失在丛林中。