三代目后引爆初代及二代身上的引爆符，以顺利阻止两者的攻击;然而他们“秽土转生”的肉体可立即修补过来。修复身躯后的两名火影，即对徒儿继续攻击。初代使用木遁术欲再抓击三代，但幸亏猿魔化成“金钢牢壁”及时保护他。初代亦使用“黑夜行”(动画为二代所使)，使三代处于黑暗环境当中，并受其攻击。三代无可奈何下，决定分出两个影分身，再由两个分身份别对初代及二代施行禁术“封印术·尸鬼封尽”。初代及二代被封印时，对伤害三代之事表示遗憾;而在他们消失后，三代却惊觉原来是两名音忍─萨克及琴被当作牺牲品、以施行“秽土转生”这种禁术。这对一向视生命为至贵的三代来说，实在不可原谅，更决心要把这个叛徒杀掉。
他召来“金钢如意棒”，把大蛇丸手中的“草薙之剑·空之太刀”打飞，并在接近大蛇丸的情况下再次施行--“禁忌封印术·尸鬼封尽”;而大蛇丸使出“潜影蛇手”欲缠着三代，但却缠着了其通灵兽猿魔。他对大蛇丸称此术不单施术者灵魂会被死神吞噬而死亡，被施术者也要永远活在死神体内受尽折磨。大蛇丸看见死神心也慌了，召回被击飞的“草薙之剑·空之太刀”，从后偷袭三代。猿魔见状本想握住飞往三代的剑，但因身体被蛇缠绊着，当它拿到时已有一半刺穿三代的身躯。双方一度对峙不下，大蛇丸不断用剑贯穿三代的身躯，而三代亦不断尝试不大蛇丸的灵体从身躯扯出来。最后因为三代自知力量不够，已无能力把大蛇丸整个灵体抽出，故决定只透过死神把大蛇丸双手废去，使其永远不能结印以使用忍术。他深信木叶‘火之意志’一定会继承下去，所以倒下时仍带着微笑、及再次看到童年的大蛇丸，接着便从此一睡不起。他的召唤兽 猿魔因为失去召唤者亦瞬间消失了，大蛇丸也因失去战斗能力、在‘音忍四人众’保护下离去。
当一众木叶忍者赶到时，他被发现躺在城楼上，带着安详的模样离世。后来他的葬礼由自童年时一起的队友水户门炎及转寝小春所主持，而全村均进入一片哀悼中(尤其是他的孙子木叶丸)。下忍们亦纷纷回想起曾跟三代一起的有趣经历，但想来更觉悲伤;惟有在他陵前献上一朵鲜花，以代表对亡者最后的祝福。[7]
第四次忍界大战篇
618话中已被大蛇丸解除死神的封印，被秽土转生复活；与其他三位火影赶赴前线战斗，使用四赤阳阵压制十尾。
638话开始与十尾人柱力带土战斗。
639话中为探测十尾人柱力带土情报，只身犯险。
646话中救出被十尾吸尽查克拉的鸣人。
647话中看到鸣人回忆自己的葬礼与阿斯玛的葬礼很内疚。
650话中与徒弟大蛇丸并肩与神树战斗。
652话中看到神树停止，思考带土失败。
654话中与忍者联军共同战胜十尾人柱力带土。
662话中利用影分身分别使出五种属性查克拉的术抵消了敌人的攻击。[8]
人物分析
角色分析
初代的教诲如今还在猿飞的耳边回荡
“木叶的同胞是我们身体的一部份...村子里的人相信我，我也相信大家...这就是火影!”
托付我木叶重任的二代火影...
“猿飞...你要保护喜爱的这个村子，并且相信着村民...你也要培育足以托付下个时代事情的人...
从明天开始你就是....火影!”
由于四代目火影的身亡，三代目猿飞又重登火影领导木叶.
他以一个慈祥老者的姿态，安详的看着这个村庄.
鸣人...是个让他倍感担心的孩子，还有木叶丸.
从一开始的偷走密传书事件开始，他默默地观看着鸣人和佐助的成长.
希望他们可以尽快的找到自己的目标.
由于大蛇丸来袭.使这位老者再次投身战场....
而[秽土转生]却不得不使他和最尊敬的初代及二代火影战斗...
这是对他来说，最不想面对的事情...
从成为火影的那一刻开始...一直没有间断的寻找着
...大蛇丸
你那种包含了恶意和野心的眼神
我早已发现了，却假装没有看到
身置于那个乱世之中，大蛇丸数十年才得一见的才能震撼着猿飞，
“希望你可以继承我的意志和力量...”
是他误以为大蛇丸就是那个他可以托付时代的人...
大蛇丸没能继承猿飞的希望...
但即使如此...即使大蛇丸的野心败露，即使这样...面对那个离去的背影，那个他最钟爱徒儿...他还是没能下手消灭他...
一次又一次的错过...却使木叶险些毁灭在他的手中...
我错了...初代....二代...师父...对不起...我辜负了身为火影的重任...
小主，这个章节后面还有哦，请点击下一页继续阅读，后面更精彩！泪水从三代目老迈的脸上流下
不光是后悔这一点，同时也是自责自己没能挽救大蛇丸
[封印术.尸鬼封尽]这个四代目的忍术...他实在很不想使用...
现在最需要的就是消除这个错误.
对猿飞来说
木叶不只是一个组织而已，历代的火影也不是历史长河上短暂的停留...而是精神
木叶每年都会诞生并孕育出许多忍者...... 他们为了保护村子而活，并且战斗...还会为了保护自己珍惜的东西而死...
村里的人即使没有血缘的联系
对我来说...却都是
最珍惜的家人!
曾经，在那么久远的过去，大蛇丸...你也是我珍爱的徒儿...
跨越了乱世和和平盛世的木叶，经历了三代目时代和四代目时代
你坚强的脚步印证了一个新时代的到来
三代目也许就是最了解和平的意义的人
三代目最后虽然输给了岁月，但却从没有向意志低头
最为讽刺的是...号称[天才]拥有历代[最强]名号的猿飞
始终没有得到一个可以传授一身技术的徒弟，这也是他雕像上唯一遗憾的一道裂痕[4]
漫画分析
漫画481在团藏临死之前回忆了以前的事情：日斩和木叶的两位长老还有宇智波镜、秋道、二代目火影执行任务中，二代表示了日斩从明天开始就是火影！当时日斩在除了二代之外是最强的?
与其他三影被秽土转生
动画484兜提到因三代火影使用尸鬼封尽将初代、二代火影封印，灵魂的持有者是死神。所以不能正常使用秽土转生。[3]
漫画618与其他三影被大蛇丸秽土转生.
漫画627中与其他三影和鹰小队及大蛇丸奔赴战场，与宇智波斑做最后的决战。
漫画631中，四大火影全部到达战场，在初代火影的带领下一起发动“四赤阳阵”压制十尾。634话中，看到鸣人，小樱，佐助通灵出蛤蟆，蛞蝓，蛇，联想到了自己的三个徒弟。
漫画646中，三代火影救出查克拉不足的鸣人，使他免受神树的伤害。[8]
经典语录
1.只要有树叶飞舞的地方，火就会燃烧。火的影子会照耀着村子，并且，让新的树叶发芽，当想要保护自己最珍惜的人时...忍者真正的力量才会表现出来……
2.伊鲁卡啊...你知道吗？当人讨厌一个人，而不认可他的存在的时候
人们看那个人的眼神...可是冰冷地...令人害怕啊
3.若无“天”，则须以识增智，并备机之来临。
若无“地”，则须驱于原野，以追求利
天地双书开，则危道将归为正道，此乃“人”之极致...并可为领导之人
4.木叶村对我来说并不是一个组织而已，木叶村每年都会诞生并孕育出许多忍者，然后战斗，就算为了保护自己珍惜的东西而死。这个村子里的人，就算没有血缘关系，对我来说：就是最重要的，最重要的，家人！
5.即使你杀了我，这根柱子是不会倒的，我可是继承了初代 二代火影木叶意志的人！我是第三代火影！！不管你怎么摧残我这根柱子，都会有新的继承我的意志成为火影的人来保护这个村子。
6.人生在世只有一次，不用勉强自己选择不喜欢的路。要随性而生或者随性而死都没关系。不过，无论选择哪条路 都不要忘记保护你所珍视的人
火影语录
第三次忍界大战，那场持续长久的战争，以不计其数的无名忍者的牺牲宣告结束，并且同时也留下了很多扬名立万英雄的口口相传的英勇事迹。神无毗桥之战，那天，木叶村诞生了两位写轮眼的英雄，一个人的姓名被镌刻在纪念碑上，另一人在日后被称为写轮眼卡卡西，其名号响彻他国。 （卡卡西外传）
人物评价
“温柔包容，木叶的慈父”——者之书
"以沈稳的笑容，照耀着村子的木叶忍者村守护者”——斗之书
“洞悉天下一切真理，木叶的最高点”——兵之书
“被称为博士的最强火影”——临之书
角色
“居然一次使出同样的忍术来全数相抵....”——漩涡绝
“历代火影大人果然都是厉害的角色”——漩涡鸣人
“您为了村子已经竭心尽力了”——波风水门
“无论走到哪里，都总是追不上你啊，猿飞”——志村团藏
“猿飞老师，您果然是个伟大的火影啊”——千手纲手
“据说第三代是历代火影中最强的一位，是有博士之称的天才”——海野伊鲁卡
“火影大人是不会输的，他可是我们木叶村的火影啊"——旗木卡卡西
"居然能将火遁和土遁结合起来，真不愧是火影啊！“——暗部
“你了解并可以使出木叶现存的所有忍术，是被誉为教授的大人物”——大蛇丸
“以前被誉为忍者之神的你竟会因年纪太大而敌不过我”——大蛇丸
“如果年轻十岁，可是会轻易秒杀我的呢”——大蛇丸
“将忍道发挥到极致的忍者”——猿魔
"走到忍者之路极点的人“——猿魔[2
忍术技能
属性忍术
火遁·火龙弹（c）
从口中吐出一颗强力的火焰弹。曾与土遁·土龙弹搭配攻击。
火遁·火龙炎弹（b）
这是一种充满着查克拉的火焰，有如狂暴的龙般舞动地术！要让火焰遵从施术者的意思，是非常困难的事情，只有一部分技术纯熟的忍者，才能够学会！施术者所吐出来地火焰，会分成前方与左、右三个方向一起攻击敌人，并在一瞬间让敌人变成灰烬。
火遁·凤仙火之术（c）
从口中连续吐出火球，攻击轨道就像凤仙花的果实，火球的轨迹可以利用查克拉来操纵，同时也可以在其中加入手里剑加强威力。曾用此术攻击柱间，但无效果。
火遁·豪炎之术（b）
对战十尾时猿飞一族用出的术。
土遁·土龙弹（c）
将泥土化作龙形后，再从龙口吐出复数的泥土弹攻击敌人。
土遁·土流壁（b）
这是藉由勾起坚固的土壁，抵挡住敌人攻击的忍术。施术者会在体内将查克拉转换成土，在吐出瞬间隆起，形成障壁。因障壁本身也具有查克拉的关系，所以强度高于土墙。土对火、水具有较高的耐性。
土遁·土流大河（a）
可将土地成泥石流冲走敌人。
土替身(c)
泥土化身体躲避攻击。
组合忍术·火流土炎弹（a）
火龙弹加土龙弹，攻击范围广，伤害大。是三代火影自创的忍术。
土遁·心中斩首术(d)
从下方把对手拖入地下，只露出头。
五属性攻击
同时发出的火、水、土、雷、风五种属性的不同忍术，在对战千手神通时抵消了对方的攻击。
五属性忍术
忍法
忍法·瓦片手里剑（b）
使瓦片像手里剑一样自动飞向目标 。
忍法·瞬身之术（d）
将查克拉聚集在脚上进行高速移动。（漫画631话，利用瞬身术到达战场）
忍法·望远镜之术（a）
利用水晶球可以随时随地找人，但条件是要知道对方的查克拉种类。只要做到这一点，不管距离多远，水晶球都可以找到那人。第三代火影以这种忍术来维持村内的治安。
忍法·手里剑影分身之术（a）
把一枚手里剑分为数以万计，是一种忍具和忍术的组合术。这种物质的影分身比一般的影分身难度更高，事前毋须任何准备，而且每个影分身都是实体，每枚手里剑都具杀伤力。
忍法·手里剑巨身之术（a）
ps2招式，将手里剑巨大化的忍术。
忍法·咒符引爆（b）
将引爆符悄无声息贴在敌人要害，再趁机引爆，令对手始料未及。贴在大蛇丸的蛇嘴内，将大蛇丸炸成重伤。
影分身之术（b）
由第二代火影开发，这是另一种制造实体的忍术，是普通的【分身术】不同的是，这种分身是有实体的，能够攻击，可应用于各种忍术上。
忍法·四赤阳阵（s）
集结四名以上的火影级别的忍者才能完成的结界，由连同初代、二代、四代火影发动封印的封印十尾的结界。比四紫炎阵强上数十倍。连十尾的尾兽玉都未能伤其分毫。
通灵术
忍法·通灵之术（c）
第三代火影的通灵兽为一只拥有金刚不坏之身的猿猴“猿猴王·猿魔”。
通灵·金刚牢壁
这是由变身成金刚如意棒的猿魔，再分身成几十根如意棒，从四面八方包围住敌人，借此束缚住敌人的术。这种硬如金刚的牢笼绝对无法被破坏，被抓住的敌人，就只能在这个牢笼里体会败北的屈辱。
通灵·金刚如意棒
这是第三代火影的「战友」——猿猴王·猿魔所使用的变身术。拥有如金刚般硬度与自由自在伸缩能力特征的金刚如意棒，可说是第三代火影的「武器」，渡过漫长的战乱时代的。另外，变成金刚如意棒的猿魔，也可依照自己的意志发动攻击，他的爪子与牙齿也会增加攻击的变化性与意外性。透过战斗所磨练出来的变换自在的攻与防，已经超越了熟练之领域，并达到忍者之「神」的领域。
通灵·猿魔之手
从金刚如意棒中伸出手臂。
封印术
封印术·尸鬼封尽（s）
这是一种由牺牲自己性命，来永远封印住施术对象灵魂的极致封印术。第四代火影就曾经以这个术来封印九尾妖狐而牺牲性命。在第三代火影过世后，这个连大蛇丸都不知道的秘术也就永远被封印在死神的肚子中。后来在忍界大战时，大蛇丸解除了第三代火影的尸鬼封尽。
五行解印（a）
利用五行相生之力帮助受术者冲破五行封印的束缚，恢复使用技能的能力。大蛇丸在三忍大战时曾说过这个术只有三代火影、自来也和大蛇丸会使用。
封印术·三方封印（s）
游戏原创奥义，先分出两个分身来，接着本体与两个分身把目标包围成三角形，然后由这三人之间形成一个散发出白光的透明金字塔后，一道白光由塔顶直冲天际，瞬间目标就消失的，地上只剩下散发出死亡气息的三角形图案。