中医所谓的疟病，就是疟疾，即病人忽冷忽热，疟病的脉象是又细又直的弦脉，弦脉为少阳之脉，跳动较快那就发热多，跳动慢则发冷多。治疗疟病，无论往来寒热，应该首先强脾健胃，若病人有吃过饭后有下利，则止下利。
脉象弦且紧绷，代表病在半表半里，若病人兼有阳明症，可以用大柴胡汤。大柴胡汤是治疗病在少阳与阳明之间的处方，即病人有少阳症的往来寒热，恶心，胸胁苦满等症状再加便秘的阳明症。大柴胡汤为小柴胡汤去掉人参和甘草加入枳实，大黄和芍药。
大柴胡汤中柴胡用五钱，黄芩三钱，白芍三钱，半夏二到三钱，生姜五片，枳实四钱，红枣十二枚，大黄根据便秘严重程度使用一到三钱，严重者可加入芒硝。用十二碗水煮成六碗，去掉药渣后再煮成三碗，每天分三次服用。使用芒硝时不用煮，药煮好后将芒硝化开，取其生用药力强。
身体潮热，腋下汗多，这是胆实，多用大柴胡汤；如果是手脚心汗多，这是胃实，可用调胃承气汤，配合下针手汗点和背后的华佗夹脊。在治疗眼睛生翳（白内障）也能以大柴胡汤为基础方进行加减；龟背龟胸在治疗时不严重可用大柴胡汤，严重者可以用大陷胸汤。
阳明症人大多下午申时（15-17点）会发潮热，因大肠移热进入膀胱，申时开膀胱，热会顺着膀胱经从后背充上头部。此时虽然病人有下利，但还是需要继续攻下，因为这种下利是因为宿便堵塞，只有水能通过引起的。
疟病在三焦淋巴系统中时，病人会忽冷忽热，若疟病从三焦出来，就会凝聚在一起，影响到血液循环，造成血管破裂，淤积的血和体内的痰混合，容易产生硬块，病人忽冷忽热的现在会一月一发。在金匮中治疗时用鳖甲煎丸，但这个药很少用到。治疗时可以用针灸外关穴和委中穴，再以小柴胡汤中加入一些攻瘀血攻痰的药，比如用蜀漆（常山苗替代）攻痰，桃仁红花攻瘀血，除了煮汤药，制作成药丸也是可以的。
疟病中的“瘅疟”病人恶心，烦躁，手脚发热，很少有发冷的情况。这是因为被汗吐下后，津液丧失，不但津液不足，并且血中水也不足，此时体内阴液完全不足，病人的发热属于虚热，里热停留在肠胃中，病人会有上吐下泻的可能，外热停留在肌肉关节就会忽冷忽热，时间久了病人会逐渐消瘦，此时可用小柴胡汤与白虎汤合方补充体内阴液。
另一种疟病就是“温疟”病人只有热没有发冷，身体关节疼痛，有恶心的情况，温疟的病本来来自太阳经热，然后一部分病进入阳明化成热，一部分进入肺中。治疗温疟使用白虎加桂枝汤汤，用六钱知母，八钱到一两的石膏，二钱炙甘草，三钱粳米，桂枝三钱。五味药用十碗水煮到米熟，去掉药渣，每次服用一碗，一天三次。桂枝的用量可以根据太阳症的轻重程度做调整。
接下来就是“牝疟”，是因为寒痰造成，临床看到病人是痰饮之症，病人发冷较多且有头晕目眩的情况，这是因为寒痰梗在中膈，如果是因为水阻隔在中膈造成的头晕目眩，就是苓桂术甘汤症。用蜀漆（可用常山苗替代）强力祛痰，云母需要烧透，去掉毒性取其阳性，有通利中膈，止呕止晕眩镇风阳的作用，牡蛎味咸能攻坚，止咳逆，祛痰水，将顽固的痰攻破。
三味药（蜀漆或常山苗、云母、牡蛎）等比例研磨成粉，在疟疾未发之前服用二到三克。
会有疟病，体内一定有痰，不论寒热，治疗时根据痰若在位置的不同，使用的祛痰药也有不同。比如痰梗在心包，无法咳出，病人呼吸时胸口会痛，但并不是心脏病，这就是桂枝去芍药加蜀漆龙骨牡蛎救逆汤症。
最后一种疟名为“劳疟”，病人有忽冷忽热，但不会恶心呕吐，只有口渴，此时使用小柴胡汤，将里面的半夏换成瓜蒌根，因半夏去水力量很强，病人有口渴时不用，加瓜蒌根生津止渴。用六钱柴胡，人参三钱，黄芩三钱，甘草三钱，瓜蒌根四钱，生姜和红枣这七味药，十二味药煮成六碗后去掉药渣再煮至三碗，每次服用一碗，每天两次。
常用的治疗发冷较多的疟病，也就是牝疟，处方可用牡蛎汤。用牡蛎四钱麻黄四钱，甘草二钱，蜀漆（或常山苗）三钱，用八碗水先煮麻黄和蜀漆，去掉浮沫后再煮其他药，煮成二碗，每次服用一碗，服药后有呕吐就不用再服。
牝疟的发冷多发热少或者只有发冷还可以使用柴胡桂姜汤，用五钱柴胡，三钱桂枝，干姜二钱，瓜蒌根四钱，三钱黄芩，牡蛎三到五钱，炙甘草三钱，煮法也是先用十二碗水煮成六碗后去掉药渣再煮，煮到三碗，每次服用一碗，每天三次。刚开始服用后病人会心烦，不用担心，继续服用，出了汗后就会痊愈。